Osmanlı Devleti’nde XIX. yüzyıla kadar esnaf ve zanaatkarlar, yani tarımsal faaliyetler dışındaki iktisadi faaliyetler ile uğraşanlar, 'Lonca' adı verilen mesleki kurumlar dahilinde örgütleniyorlardır. İslam uygarlığı içinde Osmanlı Devleti’nden önce kurulmuş diğer İslam devletlerinde de “Fütüvvet-ahilik” kurumu doğrultusunda Lonca benzeri kurumlar vardı. Sanayi devrimi ve özellikle 1838 Balta Limanı Anlaşması ile Osmanlı dış ticaret rejiminde yaşanan değişim yerli zanaatların çöküşünü hızlandırdı. Loncalar önce işlevlerin yitirdiler. Daha sonra Loncaların varlığı hukuken sonra erdi.
Tanzimat’tan (1839)sonra ticaret hukukundaki batılılaşma süreci çerçevesinde Ticaret ve Sanayi Odaları kuruldu. İlk kurulanlar yabancı devletlerin Ticaret Odalarıydı. Osmanlı Devletinde ilk yerli Ticaret Odasının kuruluşundan on üç yıl sonra Eskişehir Ticaret ve Ziraat Odası faaliyete başladı. Daha önce yapılan akademik çalışmalarda hicri tarihi miladi tarihe çevirmedeki hatalar nedeniyle bu tarih 1895 olarak belirtilmesine rağmen, yapılan arşiv çalışmalarında 1893 tarihi tespit edildi. Bu tarihteki ilk yönetim (1311 / 1893 tarihli Salnameye göre) Başkan Zeytunzade Tevfik Efendi, Azalar Karnik Agopyan, Humbo Efendi, Katip Süleyman Efendi’den oluştu.
Türkiye’nin yakın dönem tarihinde olduğu gibi ekonomik ve toplumsal tarihin de bir dönüşümün başlangıcını ifade eden II. Meşrutiyet döneminde, Ticaret Odalarının sayısı artarak devam etti. Bu dönemdeki oda sayısı 160’ın üzerindeydi. 14 Haziran 1910 tarihinde Ticaret ve Sanayi Odaları Nizamnamesi kabul edildi. Yayınlanan nizamname çerçevesinde ETO’da kendine özel bir nizamname hazırladı. Ali Ulvi (Bayraktar) oda başkanlığına seçildi.
Birinci Dünya Savaşının ekonomik koşulları, savaşan ulusları derinden etkiledi. Bu zor süreçte bile ETO varlığını sürdürdü. Mondros Mütarekesi ve sonrasında başlatılan haksız işgallere karşı Mustafa Kemal(Atatürk) ‘in önderliğinde başlatılan Milli Mücadele sürecinin finansmanına Oda üyeleri önemli katkılar sağladı. Eskişehir’in ilk önce İngiliz, daha sonra Yunan işgaline uğraması kente ağır hasarlar verdi. Özellikle Yunan ordusunun çekilmesi sırasında yapılan tahribattan ETO’da etkilendi. Birçok evrak çıkarılan yangınlarla kül oldu.
Cumhuriyet dönemi ile birlikte, önceleri Ankara’ya bağlı olarak faaliyetlerini sürdüren ETO, daha sonra bağımsız olarak çalışmalarını sürdürdü. Kentte sanayi’nin gelişmesiyle birlikte Eskişehir Ticaret ve Sanayi Odası olarak faaliyet alanını genişleten oda, 1968 yılında sanayici üyelerinin isteği, Oda’nın muvafakati ve Ticaret Bakanlığı’nın izniyle Sanayi Odası’nın kurulmasına olanak sağladı. Bu tarihten sonra da oda unvanı Eskişehir Ticaret Odası olarak değiştirildi.